木瓜酶能使食品的蛋白质水解成小分子肽或氨基酸。可制成嫩肉粉、酒类澄清剂、饼干松化剂、面条稳定剂、高级口服液、保健食品。能有效地提高蛋白质的利用率，降低成本，且能大大提高食品营养价值。

木瓜酶可以起到抗癌、抗肿瘤、抗淋巴性白血病、抗病原菌和寄生虫、结核杆菌的作用，用于防治高血压、肾炎、便秘及助消化治胃病。具有消炎止痛、利胆、助消化，提高免疫力等功能；同时对治疗妇科病、青光眼、骨质增生、枪刀伤口愈合、昆虫叮咬等具有很强的疗效。木瓜或用木瓜制成的木瓜粉还可以有通乳、丰乳的功效。

由于木瓜酶具有超氧化物歧化酶（SOD）的特性，在含蛋白质和油脂的美容、护肤化妆品中添加木瓜酶，可起到清洁和保健皮肤、促进血液循环、增白嫩肤、美颜保健和改善肌肤的功效。对减肥、祛斑、除垢、粉刺等有一定疗效。从蛋白质的角度看，木瓜酶具有金属硫蛋白（MT）的性能，因此对防晒、美白、护肤更具有功效。

利用木瓜酶蛋白酶处理羊毛、蚕蛹脱胶和蚕丝精练，可以有效地防止收缩、抗张强度，使织物手感柔软，平滑舒适。木瓜酶能溶解丝胶，但对丝纤维蛋白却完全无作用。还可用于绢织物及纤维的混合等精炼和中国产粗蚕丝的精炼。

将木瓜酶加入饲料配方或直接混合在饲料中，可以大大提高蛋白酶的利用率和转化率，从而降低饲料成本，开发更广的蛋白源。可广泛用作喂养猪、牛、羊、鸡、鸭、鹅、虾、鳗鱼、奶牛等的饲料添加剂。

用于香皂、肥皂、洗涤剂、洗衣粉、洗手液的生产，具有去污力强，除菌消毒的作用，使用安全放心。

木瓜酶可用于制革的前处理工序，包括：浸水，脱毛，浸灰和软化。能鞣制光亮优异的皮革（具有毛孔细腻，皮纹光亮等），提高皮革档次。